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关于基础部生物化学与分子生物学教研室提供生物信息学高级数据挖掘服务的通知
2012年04月06日 10:22    发布人:刘飞飞    联系电话:84774469    发布单位:基础部    发布范围:公开    阅读:

伴随大规模基因组测序技术的成熟,生物学数据快速增长。科研工作者需要有效地把握海量的生物学数据,并以此为基础提出理论推测,然后回到实验中去,追踪或验证这些理论假设,实践科研创新。高级的生物信息学分析比较复杂,费时费力,也需要一定的专业技术。它不仅是技术服务,还是一种重要的辅助研究方式。本教研室从实践出发,经过长期的经验积累,现开展生物信息学高级数据挖掘服务,希望能够为我校在生命科学领域的深入研究提供有效的支撑。

服务项目:

1.在线数据库(GEO)已发表芯片数据结果(CEL文件)的基因表达差异重分析

2.蛋白质空间结构的模拟及多角度(立体)显示

3.氨基酸(多)点突变的空间结构模拟及其与未突变蛋白结构的层叠比较

4.蛋白相互作用、蛋白与核酸相互作用的空间结构模拟与相互作用位点解析

5.功能蛋白质分子的点突变设计

服务方式:

1.合作研究

2.技术服务

(详情请与联系人沟通或参阅学科网站)

联系人:王立锋博士Tel:84774537

相关链接:

http://biochem.fmmu.edu.cn/Lmnr.jsp?urltype=tree.TreeTempUrl&wbtreeid=6061

生物信息学技术服务

生物信息学(Bioinformatics)是一门计算机、数学、信息技术与生物学交叉结合的新兴学科。伴随大规模的基因组测序,生物学数据快速增长,我们已不可能单凭手工的方法就可以从海量的数据中发现和解决我们的生物学问题,我们必须借助于数学,计算机等学科的技术,生物信息学应运而生。生物信息技术目前已成为生物学领域的核心技术之一,它与传统方法有机的结合,加速生物学、医学、农学等学科的发展。我们从具体实践经验入手,以为科学研究提供科学服务为宗旨,致力于为生命科学领域的深入研究提供高质量低成本,方便快捷的高级生物信息学服务,包括高通量生物学数据(GEO来源文件)分析,基因的功能注释和分类,蛋白质相互作用网络构建,根据网络的拓扑性质,挖掘网络重要节点,以及蛋白质及其突变体的空间结构分析与模拟。

项目按先到先服务的方式排队。客户需提供数据及相关信息,分析完成时,我们提供一份标准化的分析报告,报告中详细列出所用软件、参数、关键概念的注释、及图、表说明。客户收到报告后,可与我们联系,对报告做进一步解释。由于生物信息学不仅是技术服务,而且还是一种辅助研究,需要大量的智力和精力投入。经我教研室研究决定,通过如下两种形式提供生物信息学对外服务(选择其中一种):

1.作为合作伙伴进行数据处理,与生物信息学相关的内容分析,以及后续的实验设计。发表文章时,署名与我单位为共同第一作者或共同通讯作者,半价;

2.如果署名实在有困难,可以按下列标准收费(常规需要10个工作日,加急时间可减半)

1)差异表达基因分析的每对CEL文件或样品3000元(在项目报告中完成5表1图);

2)蛋白质空间结构分析与模拟5000元/300aa(共给出至少六张图,也可按具体项目计费;计费以模拟出的结构为准,不到300aa按300aa计,不到600aa按600aa计,以此类推;不能模拟结构的序列不收费);

3)加急分析价格加倍;

4)校内服务按上面收费标准8折

生物信息学高级数据挖掘服务项目说明:

基于GEO芯片结果(CEL文件)或excel文件的基因差异表达重分析

选择所需比对(两组)的芯片结果中差异程度最明显的至少200个基因作为分析对象

1.根据基因表达的上、下调情况给出芯片结果的差异统计表;

2.给出差异表达基因的功能分类表;

3.给出差异表达基因的功能注释或信号通路表

4.给出差异表达基因的功能注释或信号通路的聚类分析表

5.对差异表达基因进行蛋白质相互作用网络分析;

6.任选5个感兴趣的基因差异表达组图

服务项目明细

费用

基因差异表达重分析

每对CEL文件或样品3000元

蛋白质特定序列位点的保守性分析

免费

蛋白质空间结构的模拟及多角度(立体)显示

1000元/300aa,限张两图

突变位点的空间结构显示及其与未突变蛋白结构的叠加比较

1000元/图

蛋白质表面分子的预测及其表面电荷分布状况模拟

500元/图

蛋白质相互作用,蛋白与核酸相互作用的空间结构解析

2000元/图

功能蛋白质分子的点突变设计

1000元/点

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